Phylogenie, Bioinformatik und Amplikon-Resequenzierung von Zoonose-Erregern I und II (PBA-Zoo)

Laborseminar im Rahmen des Querschnittsprojektes PBA-Zoo

Angebot für Nachwuchswissenschaftler zum Erlernen von Hochdurchsatz-Amplikonresequenzierungsverfahren am eigenen Projekt

 
Die schnelle sequenzbasierte Typisierung und phylogenetische Analyse von Zoonose-Erregern ist eine Grundvoraussetzung zur Charakterisierung akuter Ausbrüche und zur Vorhersage langfristiger Entwicklungstrends von Infektionserregern. Gerade im Ausbruchsgeschehen ist die hohe Geschwindigkeit bei maximaler Datensicherheit bei der Typisierung entscheidend, wie sich beim EHEC-Ausbruch im Jahr 2011 und anderen Ausbrüchen gezeigt hat.

 
Die sequenzbasierte Typisierung steuert zudem wertvolles Wissen zu vorhandenen Forschungsergebnissen bei. Damit kann eine Risikoabschätzung über die Verbreitung und die Pathogenitätsentwicklung von human- und veterinärmedizinisch relevanten Zoonose-Erregern durchgeführt werden.

 
Um den Umgang mit modernen Techniken zu Hochdurchsatz-Amplikonresequenzierungsverfahren an den wissenschaftlichen Nachwuchs weiterzugeben und das Wissen zum Umgang mit diesen Methoden zu verbreiten, sind Mitglieder der Nationalen Forschungsplattform zu einem zweiwöchigen Laboraufenthalt im Labor Dr. Alexander Mellmann (Institut für Hygiene der Universität Münster) eingeladen.

 
Voraussetzungen:

• Mitgliedschaft in der nationalen Forschungsplattform für Zoonosen (zur Registrierung gelangen Sie hier)
• Nachwuchswissenschaftler (bis 35 Jahre)
• Projektskizze zum eigenen Projekt mit Darlegung des Hintergrunds, der Fragestellung in Bezug auf Zoonosen, geplante Methoden und Kostenkalkulation.

Im Laboraufenthalt sind Übernachtungskosten und Kosten für Verbrauchsmaterial bis 1000 Euro enthalten. Die Kosten für die Anreise sind selbst zu tragen.

 
Die Unterbringung wird durch das Institut für Hygiene organisiert.

 
Im Rahmen dieser Einladung standen drei Plätze für je zweiwöchige Laboraufenthalte zu Verfügung, an denen je eine Wissenschaftlerin / ein Wissenschaftler im Labor hospitieren und ihr / sein eigenes Projekt bearbeiten kann:

• Zeitraum 1: Januar 2012 (Platz vergeben)
• Zeitraum 2: Juli 2012 (Platz vergeben)
• Zeitraum 3: November/Dezember 2012 zum Thema Personal Genome Machine (PGM) (Auswahl im Herbst 2012)

Die Auswahl der Kandidatinnen und Kandidaten für die Laborseminare im Januar und Juli 2012 traf der interne Beirat auf Basis der eingereichten Projektskizzen in seiner Sitzung am 8. November 2011.

Eine weitere Bewerbungsfrist für den Termin im November/Dezember 2012 (Thema: Personal Genome Machine) wird es im Herbst 2012 geben. Näheres erfahren Sie dazu in Kürze auf dieser Seite.

Das Querschnittsprojekt PBA-Zoo

	Sequenzdaten

Das Querschnittsprojekt PBA-Zoo steht der Aufbau einer interdisziplinären Bioinformatikplattform zur sequenzbasierten Funktions- und Phylogenieanalyse zoonotischer Erreger im Mittelpunkt.

Die Typisierung von Zoonose-Erregern ist neben der Erfassung epidemiologischer Daten essentiell, um sowohl zeitlich und räumlich begrenzte Infektionsgeschehen (z. B. Ausbrüche) als auch längerfristige Entwicklungstrends von Infektionserregern (z. B. Pathoadaptation von Erregern) genauer zu charakterisieren und spezifischer vorherzusagen. Der große Vorteil von DNA-sequenzbasierten Typisierungsverfahren liegt darin, dass die Bestimmung des universellen genetischen Kodes in Form von nur vier verschiedenen Nukleotiden („ACGT“) erfolgt, woraus eine nicht zu übertreffende Reproduzierbarkeit und Genauigkeit resultiert.
Unter der Leitung von Prof. Dr. Dr. Helge Karch, (Institut für Hygiene, Universität Münster), Prof. Dr. Dag Harmsen (Polyklinik für Parodontologie, Universitätsklinikum Münster) und Dr. Alexander Mellmann (Institut für Hygiene, Universität Münster) hat das Querschnittsprojekts „Phylogenie, Bioinformatik und Amplikon-Analyse von Zoonose-Erregern“ (PBA-Zoo) die Aufgabe, sequenzbasierte Typisierungsaktivitäten von Zoonose-Erregern durchzuführen und zu bündeln.

Durch die verbundübergreifende Typisierung und Charakterisierung der Zoonose-Erreger und die Analyse mit funktions- und phylogenieorientierten Werkzeugen wird die Bearbeitung interdisziplinärer Fragestellungen sowie eine wissenschaftlich fundierte Risikoabschätzung des pathogenen Potenzials der Erreger ermöglicht. Die Weiterführung dieses Projekts zur Fortführung und Erweiterung der Amplikon-Resequenzierung, wird durch die Nationale Forschungsplattform für Zoonosen begleitet und begann am 1. Januar 2011.
Das PBA-Zoo-Resequenzierungszentrum ist mit einer eigenen Internetpräsenz vertreten.

Koordinator: Prof. Dr. Dr. h. c. Helge Karch (Universität Münster, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo, Leiter des Nationalen Kosiliarlaboratoriums für Hämolytisch-Urämisches Syndrom (HUS))

Mitantragsteller: Prof. Dr. Dag Harmsen (Universität Münster, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo), Dr. Alexander Mellmann (Universität Münster, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo)

Kooperationspartner:

Dr. P. Grüning (Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo)

Prof. Dr. S. Ludwig (Universität Münster, Koordinator des BMBF-Verbunds FluResearchNet, Standortleiter und Koordinator der Nationalen Forschungsplattform für Zoonosen)

Dr. G. Schares (Friedrich-Loeffler-Institut, Wusterhausen)

Prof. Dr. H. Schmidt (Universität Hohenheim, Projektpartner des BMBF-Verbunds FBI-Zoo)

Prof. Dr. L. H. Wieler (Freie Universität Berlin, Fachbereich Veterinärmedizin, Koordinator des BMBF-Verbunds FBI-Zoo)

PD Dr. U. Dobrint (Univerität Würzburg)

Prof. Dr. G. Gerlach (IVD GmbH Hannover)

Start der zweiten Förderphase: 01.01.2011

Projektdauer: 24 Monate